Из дворянской семьи. Окончил 1-й кадетский корпус (1898), Павловское военное училище (1901), Николаевскую академию Генерального штаба (1907). Служил в Кавказском и Приамурском военных округах. Участник Первой мировой войны. Военный агент в Японии (1916—18). Полковник (1914), генерал-майор (1917). Помощник военного министра Временного правительства (октябрь — ноябрь 1917). В апреле 1919 выехал из Японии в США. Жил в Нью-Йорке. Занимался литературным трудом. Во время Второй мировой войны по инициативе Я. был создан «Русско-американский комитет медицинской помощи Советскому Союзу» (1941), собравший сотни тысяч долларов. В 1947—53 редактор отдела переводов Секретариата ООН, откуда уволен в период маккартизма за просоветские взгляды. С 1956 сотрудник, затем редактор газ. «Русский голос» (США). В сентябре 1975 вернулся в СССР на постоянное жительство, гражданин СССР.

Похоронен в Ленинграде на Никольском кладбище (7-я дорожка).

Отец: Александр Дмитриевич, генерал-майор. Мать: Лидия. Жена: Мальвина Витольдовна (1882—1966). Сын; дочь: Ольга.

Фотография захоронения заимствована с сайта Некрополя Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры:

http://www.lavraspb.ru/en/nekropol/view/item/id/1875/catid/3

Библ.: Басханов М.К. Русские военные востоковеды до 1917 года. Биобиблиографический cловарь. М., 2005. С. 281—282; Bakich O. Harbin Russian Imprints. New York, P., 2002.

Соч.: [Пер. с яп.]: Бусвосэй. Тактические поучения, извлеченные японцами из последней войны. СПб., 1912; Русское офицерство в связи с развитием русской общественности, Нью-Йорк, 1918; Russia and Soviet Union in the Far East. L., 1932; The Chinese Soviets. New York, 1934; Eyes on Japan. L., 1937; Over the Divide. An Impersonal Record of Personal Experiences. New York, 1939; USSR Foreign Policy. New York, 1945. 

Лит.: Афанасьев А.Л., Баранов Ю.К. Одиссея генерала Яхонтова. М., 1988; Алексеев М. Военная разведка России. Кн. 2. М., 1998. С. 507; Сухарев, 2002. С. 557—558; Басханов М.К. Русские военные востоковеды до 1917 года. Биобиблиографический cловарь. М., 2005. С. 281—282; Позняков В.В. Советская разведка в Америке. М., 2005. С. 469; Абрикосов Д.И. Судьба русского дипломата. М., 2008. С. 315; Ганин А.В. Корпус офицеров Генерального штаба в годы Гражданской войны 1917—1922 гг. М., 2009.