Из дворянской семьи. Окончил Оренбургскую мужскую гимназию (1876—84), историко-филологический факультет Московского университета со степенью кандидата (1884–88). Ученик В.О. Ключевского. Оставлен для приготовления к профессорскому званию по кафедре русской истории. Преподавал в Лазаревском институте восточных языков (1888—1903), Училище живописи, ваяния и зодчества (1903—06), частной женской гимназии Л.Ф. Ржевской (1903—07), на Высших женских курсах В.И. Герье и др. Приват-доцент Московского университета по кафедре русской истории с 1898. Магистр (1904), дисс. «Посадская община в России XVIII ст.», доктор русской истории (1909), дисс. «Городовое положение Екатерины II 1785 г. Опыт исторического комментария». С 1903 помощник В.А. Гольцева по изданию ж. «Русская мысль», в 1907—11 редактор (вместе с П.Б. Струве), с 1906 постоянный сотрудник «Русских ведомостей». Кадет, один из руководителей московского губ. комитета, член городского комитета партии. С января 1906 член ЦК партии. В 1907 депутат 2-й Государственной думы от Москвы. В 1911 покинул университет в знак протеста против политики министра Л.А. Кассо. Профессор Народного университета им. А.Л. Шанявского. Ординарный профессор по кафедре русской истории Московского университета (1917—20). 2 декабря 1917 избран членом-корреспондентом РАН по разряду историко-политических наук (русская история). Заведующий отделением Государственного архивного фонда (с февраля 1919), Центральным архивом ВСНХ (с июня 1922). Трижды арестовывался ВЧК (сентябрь 1918; сентябрь 1919 по делу «Национального центра»; 1921). Постановлением коллегии ГПУ от 25 августа 1922 выслан за границу. 28 сентября отплыл в Германию (Штеттин). В сентябре — декабре 1922 жил в Берлине. С января 1923 жил и работал в Праге (Чехословакия). Председатель историко-филологического отделения Русского народного университета. Профессор Русского народного, Русского педагогического, Карлова университетов, Русского юридического факультета. Сотрудник Славянского института. Один из организаторов Русского исторического общества, действительный член (1925), товарищ председателя (1930—32), председатель (1932—33). Действительный член Русской академической группы. Председатель Русского заграничного исторического архива (1928), член его совета. Постановлением Общего собрания АН СССР исключен из состава Академии «ввиду утраты связи с АН СССР» (1928). В 1990 восстановлен в списках АН.

Похоронен на Ольшанском кладбище в Праге.

Отец: Александр Иванович (ок. 1813 г.р.), военный чиновник. Мать: Олимпиада Николаевна (ур. Турчанинова). Жена: Екатерина Яковлевна (ур. Фрауенфельдер; в 1-м браке Кудрявцева) (1864 (1863?)—1924), педагог. Пасынок (от 1-го брака): Всеволод Александрович Кудрявцев (1885—1953), математик. Падчерица (от 1-го брака): Наталья Александровна Кудрявцева (1886—1931), педагог. Дочь: Екатерина (в зам. Максимович) (1895—1990), педагог.

Библ.: Материалы для библиографии русских научных трудов за рубежом (1920—1930). Т. 1. Белград, 1931. № 181. С. 149—151; То же. Т. 2. Белград, 1941. № 139. С. 163—169; Материалы для библиографии печатных работ Александра Александровича Кизеветтера / Сост. Е.Ф. Максимович // Записки Русского исторического общества в Праге. 1937. Кн. 3. С. 225—284; Труды русской, украинской и белорусской эмиграции, изданные в Чехословакии в 1918—1945 гг. Прага, 1996. Т. 1, ч. 1. С. 311—313; Шпаковская М.А. А.А. Кизеветтер в российской историографии. М., 2003. С. 252—313.

Восп.: На рубеже двух столетий: (Воспоминания, 1881—1914). Прага, 1929.

Соч.: Посадская община в России XVIII ст. М., 1903; Городовое положение Екатерины II 1785 г.: Опыт исторического комментария. М., 1909; Местное самоуправление в России. IX—XIX ст. Исторический очерк. М., 1910; Исторические очерки. М., 1912; Исторические отклики. М., 1915; Гильдия Московского купечества. Исторический очерк. М., 1915; М.С. Щепкин. Эпизод из истории русского сценического искусства. М., 1916; Velikáni ruského divadla. Pr., 1926; Исторические силуэты. Берлин, 1931.

Лит.: Флоровский А.В. [А.А. Кизеветтер: Биографический очерк] // Записки Русского исторического общества в Праге. 1937. Кн. 3. С. 165—207; Ковалевский П.Е. Зарубежная Россия: История и культурно-просветительная работа русского зарубежья за полвека (1920—1970). Париж, 1971. С. 97, 100, 119, 310; Вандалковская М.Г. П.Н. Милюков. А.А. Кизеветтер. История и политика. М., 1992; Пашуто В.Т. Русские историки эмигранты в Европе. М., 1992; Политические деятели России. 1917: Биографический словарь. М., 1993. С. 149—150 (авт. Л.И. Демина); Бакунина Т.А. Воспоминания об А.А. Кизеветтере: (К 60-летию со дня его кончины) // Археографический ежегодник за 1993 г. М., 1995. С. 209—214; Вандалковская М.Г. Вечный россиянин: Александр Александрович Кизеветтер // Историки России. XVIII — начало XX века. М., 1996. С. 626—657; Политические партии России. Конец XIX — первая треть ХХ века: Энциклопедия. М., 1996. С. 252—253 (авт. И. Нарский); Русское зарубежье. Золотая книга эмиграции. Первая треть ХХ века: Энциклопедический биографический словарь. М., 1997. С. 291—293  (авт. М. Вандалковская); Российская Академия наук: Персональный состав. Кн. 1. М., 1999. С. 206; Vandalkovskaya M. Aleksandr Aleksandrovich Kizevetter // Historiography of Imperial Russia: The Profession and Writing of History in a Multinational States. Armonk, Lnd., 1999. P. 286—310; Хроника культурной, научной, и общественной жизни русской эмиграции в Чехословацкой республике / Под ред. Л. Белошевской. Т. 1—2. Прага, 2000—2001; Вандалковская М.Г. Александр Александрович Кизеветтер // Портреты историков: Время и судьбы. В 2 т. М.; Иерусалим, 2000. Т. 1. С. 153—163; она же. Кизеветтер Александр Александрович (1866–1933) // Историки России. Биографии. М., 2001. С. 419—425; Демина Л.И. А.А. Кизеветтер в Праге (1923—1933): страницы жизни // Российская интеллигенция на родине и в зарубежье: новые документы и материалы. М., 2001. С. 131—137; Сухарев Ю.Н. Материалы к истории русского научного зарубежья. Кн. 1. М., 2002. С. 221—224; Шпаковская М.А. Кизеветтер в российской историографии. М., 2003; Цепилова В.И. А.А. Кизеветтер-историограф (1922—1933 гг.) // Московский университет и судьбы российской интеллигенции. М., 2004. С. 205—215; Высылка вместо расстрела. Депортация интеллигенции в документах ВЧК—ГПУ 1921—1923. М., 2005; Волков В. А., Куликова М. В., Логинов В. С. Московские профессора XVIII — начала ХХ веков. Гуманитарные и общественные науки. М., 2006. С. 123—125; Цепилова В.И. Александр Александрович Кизеветтер: историк и общественно-политический деятель // Документ. Архив. История. Современность. Екатеринбург, 2007. Вып. 7. С. 270—283; Будницкий О.В. Александр Александрович Кизеветтер: «Признать силу и ценность русского человека…»  // Российский либерализм: идеи и люди. М., 2007. С. 675—682; Государственная дума Российской Империи 1906—1917: Энциклопедия. М., 2008. С. 247 (авт. И.В. Нарский); «Очистим Россию надолго…» Репрессии против инакомыслящих. Конец 1921 — начало 1923 г.: Документы. М., 2008; Петухов С. Русские профессора Пражского Карлова университета // Дом в изгнании: очерки о русской эмиграции в Чехословакии, 1918—1945. Прага, 2008. С. 142—144; Евреинов А.Б. Между двумя эмиграциями. Louvain, 2009; Общественная мысль Русского зарубежья: Энциклопедия. М., 2009. С. 343—347 (авт. В.И. Цепилова); Российский либерализм середины XVIII — начала ХХ века: энциклопедия. М., 2010. С. 402—405 (авт. И.В. Нарский); Российское научное зарубежье: биобиблиографический справочник / Ред.-сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 328—330 (авт. Г.А. Савина); Raymond B., Jones J.D. The Russian Diaspora, 1917—1941. Lanham, 2000. Р. 132—133; Andreyev C., Savický I. Russia Abroad. Prague and the Russian Diaspora, 1918—1938. New Haven, L., 2004.

Некр.: Незабытые могилы. Российское зарубежье: Некрологи 1917—1997: В 6 т. / Сост. В.Н. Чуваков и др. М., 2001. Т. 3. С. 268.