Из купеческой семьи потомственного почётного гражданина. Окончил Царскосельскую Николаевскую гимназию (1900), Военно-медицинскую академию в СПб. со степенью лекаря (1906). Специализировался по иммунологии у профессора С.С. Боткина на кафедре терапии, оставлен при кафедре, но с приходом на нее профессора Н.Я. Чистовича, к которому питал личную неприязнь, ушел из академии. Доктор медицины (1911, Военно-медицинская академия), дисс. «О лейкоцитолизе». В 1911—13 стажировался у И.И. Мечникова в Институте Пастера в Париже и у А. Вокеза в Сорбонне (Франция). Автор трудов по иммунологии и инфекционной патологии, разработал новые методы лечения легочного туберкулеза и воспаления легких применял облучение рентгеновскими лучами. В 1913 успешно лечил писателя М. Горького, с семьей которого прожил более 2 месяцев на Капри (Италия). По возвращении в Россию занимался частной практикой. После Февральской революции (1917) секретарь оргкомитета «Свободной ассоциации для развития и распространения положительных наук». Весной 1917 врач Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства; посещал заключенных в Петропавловской крепости. Член восстановленного в начале декабря 1917 Комитета Политического Красного Креста. С 1919 помощник Д.К. Заболотного в эпидемиологическом отделе Института экспериментальной медицины. В декабре 1921 благодаря помощи М. Горького уехал во Францию. Член бюро Комитета помощи писателям и ученым во Франции (1931), Общества русских врачей им. Мечникова в Париже (1937).

Похоронен на православном кладбище в Сент Женевьев де Буа.

Жена: Татьяна Ивановна (ур. Крундышева; 1885—1962), писательница.

Соч.: О лейкоцитолизе. СПб., 1911; Лечение заразных болезней лейкоцитолизом, вызываемым освещением селезенки Roentgen’овскими лучами. Пг., 1916.

Восп.: Воспоминания о 1917—18 гг. // Новый журнал. 1958. Кн. 54. С. 97—116; Революция // Там же. 1963. Кн. 73. С. 184—196; С. Боткин, И. Мечников, М. Горький // Там же. 1967. № 86. С. 139—158.

Лит.: Павлов И.П. Отзыв о сочинении И.И. Манухина «О лейкоцитолизе. Диссертация на степень доктора медицины». СПб., 1916; Ковалевский П.Е. Наши достижения: Роль русской эмиграции в мировой науке. Вып. 1. Мюнхен, 1960. С. 21; Гиппиус З. Живые лица. Воспоминания. Тбилиси, 1991. С. 352—376; Ульянкина Т.И. Загадка И.И. Манухина — российского врача, ученого и общественного деятеля // Российские ученые и инженеры в эмиграции. М., 1993. С. 93—116; Она же, Этот неизвестный известный Иван Манухин // Вопросы истории естествознания и техники. 1993. № 3. С. 45—62; Русское зарубежье. Золотая книга эмиграции. Первая треть ХХ века. Энциклопедический биографический словарь М., 1997. С. 389—390 (авт. Т. Ульянкина); Серков А.И. Русское масонство. 1731—2000: Энциклопедический словарь. М., 2001. С. 519; Сухарев Ю.Н. Материалы к истории русского научного зарубежья. Кн. 1. М., 2002. С. 300—301; Грезин И.И. Алфавитный список русских захоронений на кладбище в Сент-Женевьев де Буа. М., 2009. С. 310;  Российское научное зарубежье: Материалы для биобиблиографического словаря. Пилотный вып. 1: Медицинские науки. XIX — первая половина ХХ в. / Авт.-сост. М.Ю. Сорокина. М., 2010. С. 139—140; Российское научное зарубежье: биобиблиографический справочник / Ред.-сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 410—411; Доктор медицины И.И. Манухин: Воспоминания, документы / Сост. А.В. Говядинов. М., 2015.

 Некр.: Незабытые могилы. Российское зарубежье: Некрологи 1917—1997: В 6 т. / Сост. В.Н. Чуваков и др. М., 2004. Т. 4. С. 379.