Из дворянской семьи греческого происхождения. Окончил Пажеский корпус (1909). Служил в лейб-гвардии Казачьем полку. Участник Первой мировой войны, Белого движения. Полковник (1920). Эвакуирован в начале 1920 из Новороссийска в Константинополь. В дальнейшем жил в Афинах (Греция). Занимался систематизацией ранее собранных материалов по птицам Дона. Член правления русской Афинской казачьей станицы.

Похоронен на русском воинском кладбище в Пирее.

Отец: Михаил Николаевич (1852—1915), камергер Высочайшего двора. Мать: Мария Николаевна (ур. Грекова, ум. 1911). Дядя: Сергей Николаевич (1850—1918), орнитолог, энтомолог. Сестры: Софья (в зам. Уварова, 1893—1953), Майя (в зам. Бетулинская, 1886—1982), Наталья (в зам. Плетнева, 1891—1971). Жена: Татьяна Петровна (ур. Янова, 1895 — не ранее 1963).

Фотографии могилы супругов Алфераки до и после реставрации любезно предоставлены председателем Союза русских эмигрантов в Греции им.кн.С.И. Демидовой госпожой  И. Л. Жалниной-Василькиоти.

Соч.: Заметки по естествознанию Донского края // Родимый край. 1929. № 5. С. 26—27; Заметки о рыбном промысле на Дону // Там же. С. 19—20.

Лит.: Смирнова-Марли А.Ю. Дорога домой. М., 2004; Цымбал А.А. Платовы и Алфераки: Из историии генеалогических исследований // Краеведческие записки: Сб. научных трудов. Ростов н/Дону, 2006. Вып. 8; Франкьен И., Шергалин Е.Э. Новое имя в орнитологии Приазовья — Михаил Михайлович Алфераки (1889—1958) // Стрепет. Ростов-на-Дону, 2010. Т. 8, № 2. С. 114—124; Российское научное зарубежье: Материалы для биобиблиографического словаря. Пилотный вып. 6: Естественные науки. XIX — первая половина ХХ в. / Авт.-сост. М.Ю. Сорокина. М.: Дом русского зарубежья им. А.Солженицына, 2011. С. 14—15 (авт. И.Ж. Франкьен, Е.Э. Шергалин).