Окончил 1-ю СПб. гимназию с отличием (1875), факультет восточных языков Санкт-Петербургского университета со степенью кандидата (1876—80). На службе в Эрмитаже сверх штата с 1880, с 1886 первый хранитель коллекции египетских древностей (до 1899). С 1881 систематически совершал путешествия в Египет для сбора египетских древностей, организуя собственные экспедиции. На личные средства приобрел около 6000 ценнейших памятников египетской древности и совершил 60 археологических и эпиграфических экспедиций. С 1887 действительный член и сотрудник ВОРАО. В 1899 причислен без содержания к министерству имп. Двора для занятий в Эрмитаже, создатель собрания «египетских древностей». В 1909 по экономическим причинам расстался с собранной им коллекцией, продав ее во вновь открытый Музей изящных искусств им. Александра III в Москве. С 1910 преимущественно жил во Франции. С октября 1921 — в Каире (Египет). Основатель кафедры египтологии Каирского университета (1923); ее первый зав. Преподавал в Археологической школе Мунира, зав. отделом египтологии университета Фуада I в Заафаране. Профессор Французского института восточной археологии в Каире. С 1929 отставке.

Похоронен на кладбище Кокад в Ницце.

Отец: Симеон Васильевич (ум. 1858), купец 1-й гильдии, потомственный почетный гражданин. Жена: Софья Гаврилова. Брат: Борис (1859—1861). Сестра: Надежда (в зам. Вонлярлярская, 1854—1927). Жена: Цецилия Матеи (1856—1952).

Фотографии захоронения любезно предоставлены А. Соколовой

Библ.: Bulletin Faculty of Arts, Fouad I Univ. 1951. May. XIII, pt. 1; Савельева Т.Н. Список научных трудов В.С. Голенищева // Древний Египет. М., 1960. С. 9–11; Карская Л.Н. Аннотированная библиография отечественных работ по арабистике, иранистике и тюркологии. 1818—1917. М., 2000; Список трудов: http://www.egyptology.ru/personal/bibl-golenischev.htm.

Соч.: Рассказ потерпевшего кораблекрушение. СПб., 1882; Опыт графически расположенного ассирийского словаря. СПб., 1888; Путешествие Уну-Амона. СПб., 1897; Каталог египетских и ассирийских древностей из собрания Эрмитажа. СПб., 1909, 1911.

Лит.: Тураев Б.А. Русская наука о Древнем Востоке до 1917 года. Л., 1927. С. 10—12; Коростовцев М.А.100-летие со дня рождения В.С. Голенищева // Вестник АН СССР. 1957. № 2. С. 130—133; Авдиев В.И. Труды В.С. Голенищева в области изучения древнеегипетской религии // Древний Египет. М., 1960. С. 65—89; Павлов В.С. В.С. Голенищев о египетском искусстве // Там же. С. 90—94; Ковалевский П.Е. Наши достижения. Роль русской эмиграции в мировой науке. Вып. 1. Мюнхен, 1960. С. 41; Ковалевский П.Е. Зарубежная Россия: История и культурно-просветительная работа русского зарубежья за полвека (1920—1970). Париж, 1971. С. 182, 183; Выдающийся русский востоковед В.С. Голенищев и история приобретения его коллекции в Музей изящных искусств (1909—1912) / Из Архива ГМИИ. Вып. 3. М., 1987; Беляков В.В. «К берегам священным Нила». Русские в Египте. М., 2003. С. 215—217; Ходжаш С.И. Отдел Востока Государственного музея изобразительных искусств им. А.С. Пушкина. Памятники и люди // Памятники и люди. М., 2003. С. 3—13; Томсинов В.А. Краткая история египтологии. М., 2004. С. 223—226; Сорокина М.Ю. Снова востоковеды...: материалы для биобиблиографического словаря «Российское научное зарубежье» // Диаспора. Вып. 7. С. 656; Беляков В. «Авторитет Голенищева был неоспорим…» // Восточная коллекция. 2006. № 1. С. 58—62; Беляков В.В. Русский Египет. М., 2008; Российское научное зарубежье: Материалы для биобиблиографического словаря. Пилотный вып. 3: Востоковедение. XIX — первая половина ХХ в. / Авт.-сост. М.Ю. Сорокина. М., 2010. С. 63—64; Российское научное зарубежье: Биобиблиографический справочник / Сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 465—466; Грезин И. Русское кладбище Кокад в Ницце. М., 2012. С. 171—172; Bulletin de l’Institut Français d’Archéologie Orientale. Cairo, 1959.  T. 58. P. 159—163; Dawson W.R., Uphill E.P. Who Was Who in Egyptology.  3d ed. L., 1995. Р. 170.

Некр.: Archiv für Orientforschung. Vienna, 1945—51. T. 15. S. 193; JEA. 1947. Vol. 33. P. 2.