Потомственный дворянин. Окончил тверскую гимназию (1878), медицинский факультет Московского университета со степенью лекаря (1878—83). Ординатор и лаборант Госпитальной хирургической клиники Московского университета. С августа 1892 помощник прозектора при кафедре судебной медицины там же. В конце апреля 1894 защитил здесь же диссертацию «Влияние чревосечения на туберкулез брюшины», доктор медицины. И. д. прозектора, с декабря 1896 прозектор при кафедре патологической анатомии. В 1896—02 консультант по бактериологии при московских заведениях Ведомства учреждений имп. Марии. В 1902—19 экстраординарный, затем ординарный профессор, зав. кафедрой патологической анатомии Новороссийского университета в Одессе; в 1912—17 ректор университета. Сложил с себя обязанности досрочно в связи с государственным переворотом. С 1918 директор вновь открытого в Одессе Высшего агрономического института. В марте 1919 эвакуирован из Одессы в Константинополь, далее жил в Белграде (Королевство сербов, хорватов и словенцев). Прозектор Державной больницы, консультант по учебным делам при Управлении правительственного уполномоченного по устройству русских беженцев в КСХС С.Н. Палеолога, консультант при российском посланнике В.И. Штрандтмане. Инициатор создания в Белграде Общества русско-сербских врачей и Общества помощи русским учащимся. Член Союза спасения Родины, член Общества медицинской помощи сербским и русским беженцам в КСХС. С июня 1923 жил в Праге (Чехословакия), и. о. председателя медицинского отделения Учебной коллегии при Комитете по образованию русских студентов (до 1926). Член и вице-президент Русской академической группы. Почетный член Общества русских врачей в ЧСР, член Комитета Российского общества Красного креста, председатель Комитета по борьбе с туберкулезом. Автор около 30 трудов по широкому кругу медицинских проблем.

Похоронен на Ольшанском кладбище в Праге.

Отец: Павел Дмитриевич, новоторжский почетный мировой судья. Мать: Агриппина Николаевна. Братья: Николай (1850—1927), охотовед; Александр (р. 1854), горный инженер; Сергей (р. 1863); Алексей (р. 1865). Сестры: Наталья (р. 1852), Анна (р. 1856), Софья (р. 1860), Мария (р. 1870). Жена: Варвара Федоровна (ур. Свечина; (1872—1937), пианистка, педагог. Приемная дочь: Антонина Петровна Малышева (ур. Эвличгнеева, по сцене Свечинская, Малышева-Свечинская, Свечина; 1895 — после 1941), оперная певица, хормейстер, педагог.

Coч.: Влияние чревосечения на туберкулез брюшины. М., 1894; К этиологии цереброспинальных менингитов. М., 1895; Об отложении извести в легких и в желудке. М., 1900; Противобактериальные свойства надборно-кислого натрия и некоторые наблюдения над его применением с терапевтическими целями. [СПб.,] 1905; О чуме. Одесса, 1912.

Лит.: Сборник трудов, посвященных профессору имп. Новороссийского университета Д.П. Кишенскому в день 25-летия его научно-преподавательской деятельности. Одесса, 1910; Исаков В. Макушка Валдая. М., 1984; Сухарев Ю.Н. Материалы к истории русского научного зарубежья. Кн. 1. М., 2002. С. 225—228; Волков В.А., Куликова М.В. Российская профессура XVIII — начала XX вв. Биологические и медико-биологические науки. Биографический словарь. СПб., 2003. С. 228—229; Литвињенко С. Руски лекари у Србиjи и Црноj Гори. Београд, 2007; Русские в Сербии / Отв. ред. А.А. Максаков. Белград, 2009. С. 216; Российское научное зарубежье: Материалы для биобиблиографического словаря. Пилотный вып. 1: Медицинские науки. XIX — первая половина ХХ в. / Авт.-сост. М.Ю. Сорокина. М., 2010. С. 111—112; Российское научное зарубежье: Биобиблиографический справочник / Сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 332—333.

Некр.: Незабытые могилы. Российское зарубежье: Некрологи 1917—1997: В 6 т. / Сост. В.Н. Чуваков. М., 2001. Т. 3. С. 297.