Окончила 1-ю женскую гимназию в Москве, историко-филологический факультет Высших женских (Бестужевских) курсов с СПб. (1902—1908). Ученица Ф.Ф. Зелинского. Училась классической филологии и истории искусства в Берлинском и Мюнхенском университетах, но в 1913 вернулась в СПб. Преподавала в частной гимназии М.Н. Стоюниной там же (1913—1916). Сотрудничала с Российской академией наук. В 1920 уехала в Швейцарию (Базель) в отпуск и не получила разрешения на возвращение в Россию. Лектор русского языка и литературы (1923), приват-доцент (1928), экстраординарный (с 1938), заслуженный (1953) профессор славянской филологии  Базельского университета. Первая женщина – профессор этого университета, заложила основы преподавания русского языка здесь.

Похоронена в Базеле на кладбище Хёрнли под одной плитой с прахом Веры Михайловой (1889—1955), с которой с 1931 вела совместное хозяйство.

Отец: Иосиф Матиас Эдуард (ум. 1893), предприниматель. Мать: Луиза Вильгельмина (ур. Зифферс, ум. 1904). Сестра: Мария.

Соч.: Die russische Totenklage: Ihre rituelle und dichterische Deutung. Lpz., 1935; Altrussische Volkslieder aus dem Pecoryland. Basel, 1951; Die russischen dörflichen Hochzeitsbräuche. Berlin, 1960.

Лит.: Наша дань Бестужевским курсам: Воспоминания бывших бестужевок за рубежом. Париж, 1971. С. 156; Риггенбах Г. О знакомстве Эльзы Малер с Мариной Цветаевой и о первой публикации поэмы «Перекоп» // «Лебединый стан», «Переулочки» и «Перекоп» Марины Цветаевой: 4-я международная научно-тематическая конференция (Москва, 9—10 октября 1996 г.): Сб. докладов. М., 1997. С. 36—52; Калмыков А.Г., Риггенбах Г. Эльза Малер — основательница Семинара славистов в Базеле // Швейцарцы в Петербурге. Сб. статей. СПб., 2002. С. 580—589; Российское научное зарубежье: Биобиблиографический справочник / Сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 407; Aegerter R. Die schweizerische Wissenschaft und der Osten Europas. Bern, 1998, S. 34–40; Riggenbach H. Aus einer Bananenschachtel: Neues über Elsa Mahler // «Denn Ironie eröffnet Zauber...». Osteuropa-Studien für Andreas Guski. Basel, 2007. S. 137–143; Burckhardt-Seebass C. Von Bürgersitten und Trachten. Töchter Helvetiens auf ethnologischen Pfaden // Elsbeth Wallhöfer (Hg.): Mass nehmen, Mass halten. Wien, 2008. S. 164–181 [über E.M. 173–175].

Некр.: Незабытые могилы: Российское зарубежье: Некрологи 1917—1997: В 6 т. / Сост. В.Н. Чуваков и др. М., 2004. Т. 4. С. 340.