Из семьи духовенства. Окончил Вологодскую духовную семинарию (1884), Московскую духовную академию (1884—89). В 1887 на год отчислен из-за спора с начальством о правах студентов. Профессорский стипендиат при кафедре общей церковной истории. 5 мая 1890 защитил диссертацию на степень магистра богословия «Блаженный Феодорит, епископ Киррский». С октября 1890 преподаватель Священного Писания в Воронежской духовной семинарии. С октября 1891 доцент СПб. духовной академии по кафедре Священного Писания Нового Завета. Доктор богословия (1898); диссертация «Благовестие св. Апостола Павла по его происхождению и существу. Библейско-богословское исследование», за которую удостоен полной Макариевской премии. Ординарный профессор (1898—1919). С 1905 редактор «Православной богословской энциклопедии» (6—12 т.). С 5 декабря 1909 член-корреспондент Императорской академии наук по Отделению русского языка и словесности. Почетный член Киевской, Московской и Казанской духовных академий (с 1915), Общества любителей духовного просвещения в Москве (с 1909), Церковно-исторического и Археологического обществ при Киевской духовной академии и др. В сентябре-декабре 1918 в заграничной командировке в Швеции (Стокгольм, Упсала). По заданию Академии наук составил научное описание славянских рукописей и старопечатных книг, хранившихся в университетской библиотеке Стокгольма. Вернулся в Россию, но уже 29 августа 1921 покинул ее. С 13 сентября жил в Выборге (Финляндия) в доме архиепископа Серафима (Лукьянова). В мае 1922 переехал в Берлин (Германия), 14 июня 1922 прибыл в Прагу (Чехословакия). Член Коллегии по обеспечению образования русских студентов в Чехословакии. В августе 1922 — мае 1923 читал лекции на богословском факультете Белградского университета (Королевство сербов, хорватов и словенцев). Принимал участие в работе русского религиозно-философского кружка в Земуне, почетный член Кружка православных русских студентов богословского факультета Белградского университета им. Св. Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. В июле 1923 принял приглашение Софийского университета (Болгария), один из создателей богословского факультета, зав. кафедрой Нового Завета в Софии. Член Русской академической группы в Болгарии. Член Болгарской академии наук. Исключен из состава Академии наук СССР Общим собранием Академии наук СССР 15 декабря 1928. Восстановлен в звании 22 марта 1990 постановлением Общего собрания Академии наук СССР.

Жена: Анастасия Васильевна (ур. Нечаева; р. 1859).

Библ.: Материалы для библиографии русских научных трудов за рубежом (1920—1940) / Под ред. Е.В. Спекторского. Т. 1. Белград, 1931. № 106. С. 82—85; Материалы для библиографии русских научных трудов за рубежом (1920—1940) / Под ред. Е.В. Спекторского. Т. 2. Белград, 1941. № 80. С. 97.

Соч.: Греческий язык Библии, — особенно в Новом Завете — по современному состоянию науки. СПб., 1902; Благовестивый апостол Павла. СПб., 1905—1912. Ч. 1—3; Библейский греческий язык в писаниях Ветхого и Нового Завета. Киев, 1914; Дидаскалия и Апостольские постановления по их происхождению, взаимоотношению и значению. Пг., 1916; Русская богословская наука и ее историческое развитие в новейшем состоянии. Варшава, 1928; Евангелия и их благовестие о Христе-Спасителе и его искупительном деле. София, 1932.

Лит.: 35-летие ученой деятельности профессора Николая Никаноровича Глубоковского. София, 1926; Богданова Т.А. Письма иерархов в архиве Н.Н. Глубоковского // Рукописные собрания церковного происхождения в библиотеках и музеях России. М., 1999. С. 85 и др.; Даниленко Б. Русские богословы и церковные историки в европейской эмиграции ХХ века // Русская религиозность: проблемы изучения. Сб. статей. СПб., 2000. С. 247, 250; Димитров И. Проф. Николай Никанорович Глубоковскии — основател на новозаветното богословие в България // Бялата емиграция в Българии. Материали от научна кнференция София, 23 и 24 сентября 1999 г. София, 2001. С. 366—371; Богданова Т.А. Н.Н. Глубоковский: судьба церковного ученого (по архивным материалам) // Мир русской византинистики. СПб., 2004. С. 119—171; Богданова Т.А. Н.Н. Глубоковский: исход из «Петроградского Египта» // Зарубежная Россия. 1917—1939 гг.: Сб. статей. Кн. 2. СПб.: Лики России, 2003. С. 153—159; Петр (Еремеев), иеромонах. Софийский архив Н.Н.Глубоковского // Церковь и время. Научно-богословский и церковно-общественный журнал. 2003. № 2(23). С. 140—156; Клементьев К. Судьба и служение Н.Н. Глубоковского // Новый журнал. 2005. Кн. 238. С. 287—292; Гаврюшин Н.К. Митрополит Антоний и проф. Н.Н. Глубоковский // Гаврюшин Н.К. Русское богословие: Очерки и портреты. Нижний Новгород, 2005. С. 101—103; Кёсева Ц. Болгария и русская эмиграция: 1920–1950-е годы. М.: Русский путь, 2008.

Некр.: Журнал Московской Патриархии. 1966. № 8. С. 76—77; Вестник Русского христианского движения. 1937. № 3/4. [С. 20.]; Голос Литовской православной епархии. 1937. № 7/8. С. 74.

Арх.: Московская духовная академия; Центральный государственный исторический архив СПб. Ф. 2162 — личные фонды.